某公司准备申报IPO，并在近期按照估值20亿元引进了财务投资者。引进投资者前，该公司的大股东是自然人，持股5000万元（持股比例70%）。按引进投资者的公司估值计算，大股东股权估价14亿元，已经增值13.5亿元。根据大股东的未来规划，想把该公司由自然人持股变更为大股东控制的其他公司持股；但由自然人持股变更为自然人控制的公司持股视为股权转让，需要按最近引进财务投资者的估值计税，预估需要缴纳近2.7亿元的个人所得税。最后，权衡再三，大股东只有非常遗憾地选择了仍按自然人持股的方式去申请公司股票上市。此类案例不是个例。
由不同利益主体持股的有发展前途的合营公司，发展到一定规模之后，由自然人持股的控股股东（实际控制人），往往想把自然人持股变更为公司持股，是因为公司持股比自然人持股具有极大的优势；但在创业之初，实际控制人往往不能体会到这些优势。实际控制人在与其他利益主体成立合营公司之初或在其他合适时机，先策划安排好基本的持股架构，以股权投资公司作为与他人合营公司的持股股东，建立根系状的公司管理体系，对之后建立自然人控制的商业帝国，具有重大的优势。在策划好大股东持股架构的同时，策划好合营公司其他股东与高管的持股架构，可以为合营公司稳定发展提供良好的基础。
指公司股东由不同的利益主体组成，各股东在合营公司有各自独立的利益诉求的经营性公司；在公司设立及运作过程中，需要考虑到股东组成架构所代表的不同利益及各股东对公司内部营运管理的参与度，考量公司高管是否应该持股及公司高管如何持股等问题。
2. 持股公司
指直接或间接代表实际控制人，以持有其他合营公司股权为目的的股权投资公司或类股权投资公司；在实际操作中，在合营公司中充当大股东的各类非典型持股公司，通常亦可在合营公司中借用本文关于持股公司与高管持股的架构设置。
对一个有发展潜力的合营公司而言，股权架构、高管岗位与人选、高管持股结构设置，通常是彼此间相互影响且往往处于动态调整的持续过程。对于合营公司股权架构、高管股权激励的设定与调整、引进投资者的考虑等事项，在合营公司处于不同地位的股东与高管，其认知与期望是不同的，事先设置好合营公司的股权架构与股东的持股方式，可以显著减少股权架构、公司高管岗位与人选调整及高管持股结构调整、引进投资者等行为给合营公司合营带来的不确定性，可较大程度地减轻合营公司股权变动带来的税务负担。
如果等到公司发展到一定的规模之后，公司通过股权转让的方式进行股权架构调整，股东需要就溢价部分缴纳股权转让所得税；且在公司股权架构设定之后，对股权架构进行大的调整，很多时候会引起股东之间、股东与公司高管之间的各种疑虑，不利于公司的稳定和发展。故在公司设立之初或者经营初期，尽早设定有利于公司长远发展的股权架构，有十分重要的实际意义。
2. 在理性状态下来理解合营公司股权架构等事项，大股东重点应当考量合营公司的长远经营及与大股东的商业帝国体系筹划；其他股东与公司高管则应当重点关注其经济利益的多寡与保障方法。各方股东应当了解各自在合营公司的角色与利益所在，如此则能够比较顺利地设定合营公司的股权架构。
3. 当然，不同合营公司的股权架构，要根据每个合营公司的目标业务、现有股东与现有高管等具体情况来设定。但对大多数合营公司而言，可以重点考虑三个方面：一是大股东的持股方式，二是公司高管的持股方式，三是其他股东的持股方式。
4. 合营公司大股东的持股方式
（1）对于许多民营企业而言，合营公司在初创时期，往往直接由个人持有合营公司的股权。当合营公司不断发展，公司价值不断提升，此时如果想调整为由持股公司持股，在税务上会被视为个人股权的变现，按现有的税务规则，个人需要就股权增值部分在5年内分期交纳巨额的个人所得税；对以公司上市为目标的合营公司而言，股权变更需要缴纳的所得税无法规避。
（2）综合分析不同规模合营公司的发展过程，毫无疑问，实际控制人在合营公司成立或初创阶段，根据发展可能设计成通过持股公司多层持股持有合营公司的股权，与自然人直接持股相比，具有如下巨大的优势：
我国现行的金融体制对自然人从银行融资有诸多的限制，而以公司为主体进行融资则比较方便。如果实际控制人系通过持股公司持有合营公司股权的方式控股合营公司，持股公司财务报表可以合并合营公司的经营业绩，在合营公司具备实际价值的情形下，持股公司可以根据合并报表以自身名义为实际控制人之目的进行融资。
当合营公司成为规模公司时，实际控制人在经营中往往已经积累了大量的资源，可以充分利用持股公司的融资能力，在合营公司之外，合理投资其他与合营公司非竞争的行业，与新老合作者设立新的合营公司。通过持股公司持股不同合营公司股权的架构，可以建立由实际控制人控制的公司集团，建立实际控制人控制的商业帝国。
2）避免自然人持股变更为公司持股时产生的个人所得税
在合营公司初创阶段，就设定实际控制人通过持股公司持有合营公司股权的持股结构，则在合营公司发展过程中，就不需要把自然人名下的股权变更为持股公司持有的股权，实际控制人也不需要交纳个人所得税。
3）方便控股权转让
在自然人持股的情况下，实际控制人转让合营公司股权，通常需要根据合营公司章程约定取得其他股东同意，期间会产生很多不确定的因素。如果以持股公司方式持有合营公司股权，可以通过直接转让持股公司本身的股权方式，达到转让合营公司股权的目的。故很多大公司，往往会就单一合营项目，单独成立一个专门的持股公司（SPV）。
4）在合营公司分红时，不需要交税
合营公司给自然人股东分红，需要扣除个人所得税。合营公司给税率相同的持股公司分红，持股公司不需要再就分红交纳所得税。
合营公司高管的持股结构，可以由实际控制人控制的持股公司作为管理人（GP），公司高管作为LP，通过签署有限合伙协议约定高管持股的条件、原则，设立有限合伙企业，持有合营公司的股权。其明显的优点有：
实际控制人可以通过有限合伙企业持有合营公司股权的方式，建立合营公司高管持股的激励机制。可以通过有限合伙协议约定高管持股的条件、原则与调整机制。在合营公司的发展过程中，通过有限合伙协议调整高管在有限合伙企业的利益，不会导致合营公司股权结构的变动，可以避免合营公司股权变动造成的困扰。
由于实际控制人的持股公司担任有限合伙企业的管理人，有限合伙企业持有的合营公司股权所对应的表决权，直接或间接地掌握在实际控制人手里。实际控制人主导合营公司建立高管激励机制，不会因实际控制人让渡股权而削弱其对合营公司的控制，从而保证大股东可以不减少按商业需要可以预留给投资者的股权份额，保障大股东可以依据合营公司的发展需要更大程度地利用投资者的资本与资源。
6. 其他股东的持股方式
其他股东的持股方式，应根据该等股东的性质、持股结构、投资合营公司的目的、投资期限等因素综合考虑，根据合营公司的具体情况具体策划。