跨国公司在华投资的一种形式表现为外资并购境内企业。根据2006年商务部、国务院国有资产监督管理委员会、国家税务总局、国家工商行政管理总局、中国证券监督管理委员会、国家外汇管理局六部委联合发布的《关于外国投资者并购境内企业的规定》， “外国投资者并购非上市境内企业”有两种法定方式：股权并购和资产并购。
股权并购，即外国投资者购买境内非外商投资企业（或称“境内公司”）股东的股权或认购境内公司增资，使该境内公司变更设立为外商投资企业；资产并购，即外国投资者设立外商投资企业，并通过该企业协议购买境内企业资产且运营该资产，或者外国投资者协议购买境内企业资产，并以该资产投资设立外商投资企业运营该资产。下文所探讨的内容为股权并购中多发的纠纷。
１、因违反股权转让的一般规则引发的纠纷
实践中容易产生纠纷的大多为有限责任公司的股权转让。根据《公司法》第七十二条[1]规定，有限责任公司的股东之间可以自由转让股权，也可以在章程中对转让股权的具体事宜加以协商规定。实践中，为防止部分股东的股权不被稀释，或者阻止公司的竞争者或对公司怀有敌意的人购买公司，公司章程往往约定特殊的股权转让规则。除公司章程对股权转让规则有特殊约定而产生的纠纷外，实践中因股权转让而产生的纠纷主要有以下两种：
（1）因未履行对其他股东的通知义务引发的纠纷
根据《公司法》第七十二条的规定，股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。转让股东应就其转让股权事项书面通知其他股东并征求同意。通知书应告知转让条件，包括转让价格、条件和受让人基本情况。如果其他股东在接到书面通知30日内进行了答复而同意转让，则转让人可转让股权，不再受此30日期限的限制。如果其他股东接到书面通知后迟迟未答复，那么拟转让股权的股东就要等候30日，只有在30日期限届满后，才能视为其他股东同意股权转让。实践中，存在许多未依法履行通知义务的情形，包括未进行通知，或者通知不符合法定的书面形式，或者给予的答复期限过短等，由此引发了许多纠纷甚至诉讼。
（2）因侵犯其他股东的优先购买权引发的纠纷
在有限责任公司股权转让实践中，存在“阴阳合同”的现象，即股权交易双方为了实现自己利益最大化，防止其他股东行使优先购买权，将约定价款较高的合同内容告知公司的其他股东，使得其他股东无法接受该合同的价格条款，而在转让人和受让人之间实际履行的却是另一份股权转让价款较低的合同。
显然，上述情形违反有限责任公司“同等条件下其他股东有优先购买权”的原则性规定。而且，其他股东放弃优先购买权的意思表示是在受到股权转让人欺诈后做出的非真实意思表示。因此，在上述情况下，其他股东可以根据《公司法》、《合同法》等法律规定，要求撤销股权转让行为，并按照实际履行的合同价格行使优先购买权。
上海中福企业投资发展有限公司（以下简称“中福公司”）起诉王慧、佰分佰公司、王琦股权转让协议无效案，即为典型的侵害股东优先购买权纠纷。原告中福公司、王慧及案外人黄淑玲均系上海兴昆建材有限公司（简称“兴昆公司”）的股东。被告王慧等人伪造中福公司印鉴，伪造了“同意王慧将其83％的股权转让给佰分佰公司和王琦，中福公司和黄淑玲均放弃优先购买权”的股东会决议。同年5月，王慧等人签订股权转让协议，约定佰分佰公司和王琦各以1元价格受让49.8％和33.2％的股权，并按持股比例承继兴昆公司的债权债务。同年7月，中福公司以王慧等人伪造股东会决议，侵犯其优先购买权为由诉请法院判令股权转让协议无效，并主张支付2元价格优先受让上述股权。
法院认为，经过鉴定，股东会决议上的中福公司印鉴并非其于2003年使用的真实印鉴，不应认定中福公司同意放弃优先购买权，王慧等人签订的股权转让协议侵犯了中福公司的优先购买权，依法不能成立，应予撤销。但法院同时认为，佰分佰公司和王琦等支付1元转让款同时还承继了兴昆公司的债权债务，因此，中福公司诉请判令其以2元价格优先受让系争股权，并不构成同等条件下行使权利，故该项诉请不予支持。[2]
2、因违反程序上特殊批准的要求引发的纠纷
《外资企业法》、《中外合资经营企业法》和《中外合作经营企业法》作为规制跨国公司在中国投资的主要法律，均明确规定，外商投资企业的股东或投资人将股权或投资权益进行转让时，需经过审批机构批准。由于上述规定属于国家法律法规的强制性规定，违反该强制性规定将导致相关合同不发生法律效力。
在我们代理的湖南一高速公路项目诉讼案件中，某境外公司要求法院确认其享有香港公司在中外合作经营企业中的股权，但法院以相关协议未经外商投资主管部门审批而不生效为由，判决驳回了该境外公司的诉讼请求。
3、因违反中国法律法规对投资者资格的规定和产业政策的要求引发的纠纷
对中国公司的股权转让，应当符合中国法律法规对投资者资格的规定和产业政策的要求。例如，不允许外商独资经营的企业，股权转让不得导致外国投资者持有企业的全部股权；因股权转让而使内资企业变成外资企业的，必须符合设立外资企业的条件；需有国有资本占控制或主导地位的产业，股权转让不得导致外国投资者占控股或者主导地位等。如果公司的股权转让违反上述规定，将可能导致股权转让合同无效，并进而引发相应纠纷。
4、当事人对被并购的公司的债务承担约定不明、责任不清而引起纠纷
当事人对被并购的公司的债务承担约定不明、责任不清，容易引发纠纷。一是被并购的目标公司在资产评估时遗漏债务，有的是遗漏目标公司在进行民事和经济活动中应承担的债务，也有的是遗漏目标公司可能承担的隐形债务，如未界定目标公司提供的担保等隐形债务；二是被并购公司注册资金不到位或抽逃注册资金，使实际净资产数和账面净资产数不相符。
5、因被并购方欺诈导致的纠纷
有些被并购的目标公司本已负债累累，资不抵债，但是，被并购方为引进跨国公司并抬高并购价格，而故意隐瞒债务，尤其是隐瞒担保债务，做假账，虚报盈利，虚列债权，隐瞒债权的真实情况，对债权进行“技术处理”，使目标公司俨然变为实力雄厚、前景辉煌的殷实企业。跨国公司在交接后进入目标公司，发现目标公司的真实情况，从而可能引发纠纷。